SEM掃描電鏡從電子槍陰極發(fā)出的直徑20-30μm的電子束，受到陰陽極之間加速電壓的作用，射向鏡筒，經過聚光鏡及物鏡的會聚作用，縮小成直徑約幾毫微米的電子探針。在物鏡上部的掃描線圈的作用下，電子探針在樣品表面作光柵狀掃描并且激發(fā)出多種電子信號。這些電子信號被相應的檢測器檢測，經過放大、轉換，變成電壓信號，后被送到顯像管的柵極上并且調制顯像管的亮度。顯像管中的電子束在熒光屏上也作光柵狀掃描，并且這種掃描運動與樣品表面的電子束的掃描運動嚴格同步，這樣即獲得襯度與所接收信號強度相對應的掃描電子像，這種圖象反映了樣品表面的形貌特征。第二節(jié)掃描電鏡生物樣品制備技術大多數(shù)生物樣品都含有水分，而且比較柔軟，因此在進行掃描電鏡觀察前，要對樣品作相應的處理。掃描電鏡樣品制備的主要要求是盡可能使樣品的表面結構保存好，沒有變形和污染，樣品干燥并且有良好導電性能。
透射電子顯微鏡是用透過樣品的電子束使其成像的電子顯微鏡，在一個高真空系統(tǒng)中，由電子槍發(fā)射電子束，穿過被研究的樣品，經電子透鏡聚焦放大，在熒光屏上顯示出高度放大的物像，常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質結構。
電子掃描顯微鏡是用電子探針對樣品表面掃描使其成像的電子顯微鏡。應用電子束在樣品表面掃描激發(fā)二次電子成像的電子顯微鏡。主要用于研究樣品表面的形貌與成分。
透射電鏡與掃描電鏡區(qū)別簡單來說：掃描電鏡是觀察樣品表面的結構特征，透射電鏡是觀察樣品的內部精細結構。
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